L’intrigue de Brundibár nous décrit deux enfants Haninka et Pepicek, dont la maman est malade.Le médecin lui prescrit du lait mais les enfants n'ont pas le sou. Pour en acheter, ils vont chanter dans la rue comme Brundibár, un joueur d’orgue de Barbarie qui gagne sa vie en jouant de la musique dans les rues. Mais ce dernier ne supporte pas la concurrence et cherche à se débarrasser des enfants.

Brundibár en tchèque désigne un bourdon et est représenté sous les traits d'un personnage tyrannique et cruel. Hans Krása l'associe à Adolf Hitler.